この方法でタグを一括削除すると、元の状態に戻せないので、必ずバックアップをとっておく。

Dreamweaverの「検索および置換」を開く。

検索対象を「現在のローカルサイト全体」、検索を「ソースコード」、オプションの「正規表現を使用」にチェックを入れて、「検索」のところに下記を入力。

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この状態で、[すべて置換]をクリックすると、サイト全体のライブラリタグがまとめて削除される。

正規表現とか良くわからないけど、この方法で一括削除できました。
とても便利。正規表現ってすごいですね。